O sistema de graduação utilizado no Sho Kumo Ryu Ninjutsu é o denominado Kyu/Dan, em sua estrutura inicial. Após o 1o. Dan (grau inicial de professor), o sistema passa a ser o tradicional Menkyo (licenças).
A graduação no Sho Kumo Ryu Ninjutsu, segundo o sistema Kyu/Dan é a seguinte:
A graduação no Sho Kumo Ryu Ninjutsu, segundo o sistema Menkyo Kaiden é a seguinte:
A forma inicial (Shoden Menkyo - 2° Dan) é o primeiro nível das técnicas, fundamentos e princípios do estilo.
A forma intermediária (Chuden Menkyo - 4° Dan) tem seu foco voltado para a implementação de movimentos mais complexos utilizando–se dos conceitos básicos aprendidos na forma Shoden. Neste nível é preciso compreender todo o funcionamento técnico do estilo.
Na forma avançada (Okuden Menkyo - 6° Dan) domina-se com maestria os níveis anteriores. As técnicas realizadas não possuem mais segredos e são feitas de forma natural. A ênfase está na execução precisa dos ataques e defesas a alvos específicos do corpo.
A forma oculta (Hiden Menkyo - 8° Dan) propicia o conhecimento de todas as técnicas secretas do estilo. Envolve o entendimento técnico e místico de tudo o que foi criado por Yoshiaki Yamato.
A forma secreta (Menkyo Kaiden – 10 ° Dan) é o nível em que somente poucos chegam, pois é exclusiva do atual Soke do estilo. É uma graduação que verdadeiramente capturou a essência do estilo em particular e tornou–se mestre em todos os níveis anteriores. É preciso um entendimento sem limite de forma desarmada ou armada, baseada nos princípios instituídos pelo fundador. Aquele que recebe seu Menkyo Kaiden pode também criar sua própria extensão ou ramo do estilo.
Grande Mestre (Soke). Diferente dos níveis anteriores, onde podem existir diversos indivíduos, somente uma pessoa por vez pode assumir este cargo. O indivíduo selecionado é uma pessoa especial, mestre em todas as técnicas do estilo e deve ter obrigatoriamente sido discípulo de um Soke anterior. Ele será encarregado de conduzir o estilo a uma nova geração e caberá a ele escolher o que o sucederá. O Soke também tem total autonomia para acrescentar, omitir ou mudar qualquer coisa do estilo.