O treinamento de Ninjutsu é dividido em duas práticas: treinamentos regulares e treinamentos extras (atividades de campo, Gasshuku e Dai Gasshuku).
Os treinamentos extras normalmente são ministrados fora dos limites físicos do Dojo, pois necessitam de ambientes adequados para a execução de algumas especializações do Ninjutsu.
Em todo treinamento, independente de sua natureza, há a inclusão dos preceitos da cultura japonesa, da cultura Marcial e da cultura do Ninjutsu.
Treinamentos Regulares
Os treinamentos regulares são realizados no espaço de prática do Dojo, muito embora o seu conceito não esteja intimamente ligado somente ao ambiente. São treinamentos que podem ser executados dentro de academias, em local de prática de arte marcial, adequados ao seu uso, geralmente com tatami (esteira de palha japonesa ou os atuais em EVA) e são administrado pelo Dojo Shu (Professor responsável pelo Dojo), um professor (Sensei, Shidoshi, Shihan), ou um aluno graduado (Senpai) devidamente autorizado a ser instrutor.
O treinamento é dividido nas seguintes fases:
Jubin Taiso e Junan taiso: alongamento e aquecimento inicial para a prática física, inclui atividades aeróbicas, exercícios de força e de flexibilidade.
Shinobi Taijutsu (combate desarmado): desenvolve-se distância de combate, foco, coordenação, concentração, técnicas de torção e projeção, posicionamento corporal, técnicas de queda, rolamento e outros.
Juhakei Bugei (combate armado): aprendizado de 18 armas fundamentais do ciclo básico que evoluem o grau de coordenação e complexidade de técnicas conforme o praticante avança as graduações e a maturidade.
Kumi Jutsu (técnica de combate): efetivamente o aprendizado de confronto de um oponente, aplicação de técnicas e estratégia de luta.
Yagai-geiko (Treinamento de Campo)
Algumas especializações do Ninjutsu são inviáveis em ambiente fechado e para tanto, conforme a necessidade dos alunos, estipulam-se a critério do Dojo Shu treinamentos ao ar livre. Essa prática abrange entre quatro a oito horas de atividades.
Gasshuku e Dai Gasshuku (Encontro/"Retiro" Técnico)
Gasshuku é um treinamento de campo com um pernoite no local. Geralmente possuem temáticas que exigem ambiente ao ar livre e montagem de acampamentos. Neles, o praticante exercitará as técnicas físicas, estratégicas, mas também desenvolverá o trabalho em grupo, a pro-atividade e liderança. São nos Gasshuku que ocorre também a vivência simulada das ações Shinobi e o Bankyoushu (treino noturno).
Dai Gasshuku, assim como o Gasshuku, é um treino de campo com pernoite no local, mas que reúne todos os alunos do estilo. Além das atividades desenvolvidas no Gasshuku, tem também como objetivo a confraternização entre os alunos e professores do Sho Kumo Ryu Ninjutsu.
Estudo Histórico e Cultural do Japão e do Ninjutsu
Ocorre durante toda a prática, pois nos treinamentos são inseridos preceitos de disciplina, tradição e elementos histórico/cultural japonês. O estudo de História do Japão e do Ninjutsu é exigido gradativamente com bibliografia recomendada aos alunos, bem como com entrega de trabalhos escritos com temas fornecidos pelo professor.
Kuro-obi Sensei geiko
Treinamento realizado para os faixas-pretas (a partir do 1º dan - Shodan) com objetivo de estudo e refinamento técnico, bem como estratégias de melhoria da didática de ensino marcial e novos aprendizados de especializações do Ninjutsu.